奇蹟盒子的交換與『寶可夢』系列軟體的奇蹟交換或魔法交換不同，並不會即時進行交換。只要將寶可夢寄放在奇蹟盒子中，數小時後將會進行交換，請在數小時後確認奇蹟盒子。